Bãi ngầm James là đối tượng tranh chấp giữa Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, Trung Hoa Dân Quốc (Đài Loan) và Malaysia. Hiện Việt Nam vẫn chưa công bố chính thức phạm vi của khái niệm "quần đảo Trường Sa" nên không thể khẳng định nước này coi đây là một phần của quần đảo Trường Sa hay là lãnh thổ Malaysia.

Trong thập niên 1920 và đầu thập niên 1930, các bản đồ của Trung Hoa Dân Quốc vẽ cực nam của nước mình chỉ đến khoảng giữa vĩ tuyến 15°B và 16°B, tức là phía nam của quần đảo Hoàng Sa. Sau sự kiện Pháp chính thức chiếm hữu một số đảo thuộc Trường Sa vào năm 1933,[6] bản đồ Trung Hoa Dân Quốc thay đổi cách thể hiện cực nam lãnh thổ bằng cách đẩy nó xuống phía nam đến khoảng giữa vĩ tuyến 7° và 9°B, tức là vẫn chưa vươn tới bãi ngầm James. Năm 1935, nước này cho ấn hành tấm bản đồ thể hiện 132 thực thể địa lý ("đảo-tiêu-than-châu") trong Biển Đông và lần này đã bao gồm bãi James gần vĩ tuyến 4°B[7] mà khi này được gọi là bãi Tăng Mẫu (chữ Hán phồn thể:曾母灘, bính âm: Céngmǔ tān, Hán-Việt: Tăng Mẫu than).[8] Từ đó đến nay, cả hai chính phủ Trung Hoa Dân Quốc (Đài Loan) và Cộng hoà Nhân dân Trung Hoa đều đồng quan điểm rằng bãi ngầm James là cực nam lãnh thổ của họ.

Tháng 5 năm 1983, một đội tàu Hải quân Quân giải phóng Nhân dân Trung Quốc ghé thăm rạn san hô nhằm khẳng định chủ quyền quốc gia của Trung Quốc.[9] Tháng 9 cùng năm, Malaysia chính thức tuyên bố về quyết định chiếm bãi ngầm James, đá Hoa Lau, bãi Kiêu Ngựa, đá Kỳ Vân và xem chúng thuộc "vùng kinh tế biển" của mình.[10]

Năm 1994, Hải quân Quân giải phóng Nhân dân Trung Quốc lại viếng thăm và thả bia. Vào ngày 20 tháng 4 năm 2010, tàu Hải giám số 83 đã thả một bia chủ quyền xuống khu vực biển của rạn san hô để khẳng định chủ quyền của Trung Quốc.[11]